Rabu, 04 Januari 2012

Ringkasan jurnal "Application of Nucleic-acid-based Therapeutics for Viral Infections in Shrimp Aquaculture"



Pada dasarnya didalam dunia perikanan banyak sekali hal-hal yang mencakup aspek-aspek mengenai pengembangan budidaya, dan salah satu hal yang digunakan dalam pengembangan budidaya yaitu mengenai Bioinformatika. Bioinformatika adalah salah satu cabang ilmu komputer yang memberikan informasi dalam mengolah, menyaji dan menganalisis database dalam bidang biologi dan genetik yang akan mengeluarkan informasi yang akurat dan efisien.
 Bioinformatika di gunakan untuk mencari suatu data yang bisa di gunakan untuk mengolah dan menyajikan suatu informasi seperti pada Inveksi virus abstrak. Infeksi virus abstrak adalah salah satu alasan utama untuk kerugian ekonomi yang besar dalam budidaya udang. Dengan adanya informasi mengenai inveksi virus ini, maka seorang peneliti akan lebih berhati-hati dalam melakukan penelitiannya dan juga mendapatkan berbagai data yang akurat dan waktu yang di gunakan juga efisien.
Pendekatan untuk melawan infeksi virus pada udang dapat menggunakan teknologi berbasis molekuler gen transfer, misalnya sebagai interferensi RNA (RNAi). Teknologi RNAi menunjukkan cukup menjanjikan sebagai pendekatan terapi dan efisien strategi untuk mengendalikan virus udang di industri akuakultur. Biasanya didalam suatu penelitian yang di lakukan dibatasi oleh kurangnya dari studi in vitro dalam baris sel asal udang dan tidak adanya informasi genom udang.
Baru-baru ini, potensi RNAi sebagai alat yang ampuh untuk genomik fungsional telah terealisasi dan sekarang sedang dieksplorasi sebagai strategi pencegahan penyakit untuk terapi pengobatan infeksi virus. Hal ini menunjukkan kemungkinan menggunakan RNAi sebagai alat antivirus untuk virus pencegahan penyakit pada udang budidaya. Pada udang yang industri akuakultur, sindrom bercak putih yang disebabkan oleh tempat virus sindrom putih (WSSV), adalah salah satu yang paling penyakit serius. Saat ini, akibat tidak adanya terapi yang efisien berarti untuk mengendalikan ini atau infeksi virus lainnya dalam akuakultur, penggunaan teknologi RNAi pada udang muncul sangat menjanjikan. Bukti hadir dan keberhasilan dicapai dalam penargetan urutan RNA spesifik virus di banyak organisme yang mempengaruhi hewan air.
Jadi, apabila dalam suatu penelitian tidak disertai dengan informasi yang akurat maka tidak akan diperoleh juga data yang akurat. Oleh karena itu, khususnya didalam bidang budidaya harus dapat menyajikan data dan mengolah data secara akurat dengan menggunakan waktu yang efisien. Untuk mendapatkan suatu informasi dan data yang valid tersebut para peneliti menggunakan suatu sistem yaitu Bioinformatika.

Senin, 02 Januari 2012

ringkasan jurnal bioinformatika akuakultur

Pada dasarnya Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Salah satu contoh dari penggunaan atau pemanfaatan bioinformatika dalam budidaya perikanan yaitu mengenai hormon pada ikan, disini adalah contoh dari KLONING cDNA HORMON PERTUMBUHAN PADA IKAN GURAME (Osphronemus gouramy). Hormon pertumbuhan (growth hormone, GH) merupakan salah satu hormon yang disekresikan oleh somatotrof dari kelenjar pitiutari. Hormon ini banyak diteliti dan digunakan sebagai model untuk ilmu fisiologi, pengaturan ekspresi gen, hubungan struktur, dan fungsi serta evolusi gen. Gh memiliki peran penting dalam pengaturan pertumbuhan dan perkembangan dengan cara mendukung proses pembelahan, diferensiasi, dan pembesaran ukuran sel. Pada ikan, GH juga mempengaruhi osmoregulasi dan reproduksi
Pentingnya GH sebagai sebuah agen pengatur pertumbuhan dan potensi aplikasinya dalm industri perikanan budidaya ikan membuat reset tentang GH banyak dilakukan dekade terakhir ini. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pemberian Gh meningkatkan laju pertumbuhan dengan tingkatan yang bervariasi pada sejumlah spesies ikan. Hormon pertumbuhan berperan penting dalam pengaturan pertumbuhan dan perkembangan sel somatik. Hal ini telah dibuktikan bahwa penambahan kandungan Gh di dalam tubuh ikan meningkatkan laju pertumbuhan dan ukuran tubuhnya secara drastis. Hal yang serupa dapat dicapai pula pada ikan gurame, bila konsentrasi GH dalam tubuhnya ditingkatkan. Sejalan dengan perkembangan ilmu biologi molekuler di bidang perikanan dan dengan mempertimbangkan aspek keamanan pangan serta kelestarian sumberdaya genetik.
Jadi dalam pertumbuhan hormon adalah peranan yang penting dalam proses pertumbuhan ikan. cDNA hormon ikan gurame (Osphronemus gouramy) hasil kloning mempunyai ukuran 843 bp yang menyandikan 204 asam-asam amino residu, dan sekuens Gh ikan gurame mengandung elemen-elemen yang konserf untuk gen GH, sekuens GH ikan gurame memiliki homologi tertinggi (97%) dengan ikan sepat.

Ringkasan diatas merupakan contoh bioinformatika dalam bidang perikanan khususnya dalam budidaya perikanan....