Ringkasan jurnal "Application of Nucleic-acid-based Therapeutics for Viral Infections in Shrimp Aquaculture"

http://www.springerlink.com/content/4172630j75p1t61q/

Pada dasarnya didalam dunia perikanan banyak sekali hal-hal yang mencakup aspek-aspek mengenai pengembangan budidaya, dan salah satu hal yang digunakan dalam pengembangan budidaya yaitu mengenai Bioinformatika. Bioinformatika adalah salah satu cabang ilmu komputer yang memberikan informasi dalam mengolah, menyaji dan menganalisis database dalam bidang biologi dan genetik yang akan mengeluarkan informasi yang akurat dan efisien.

 Bioinformatika di gunakan untuk mencari suatu data yang bisa di gunakan untuk mengolah dan menyajikan suatu informasi seperti pada Inveksi virus abstrak. Infeksi virus abstrak adalah salah satu alasan utama untuk kerugian ekonomi yang besar dalam budidaya udang. Dengan adanya informasi mengenai inveksi virus ini, maka seorang peneliti akan lebih berhati-hati dalam melakukan penelitiannya dan juga mendapatkan berbagai data yang akurat dan waktu yang di gunakan juga efisien.

Pendekatan untuk melawan infeksi virus pada udang dapat menggunakan teknologi berbasis molekuler gen transfer, misalnya sebagai interferensi RNA (RNAi). Teknologi RNAi menunjukkan cukup menjanjikan sebagai pendekatan terapi dan efisien strategi untuk mengendalikan virus udang di industri akuakultur. Biasanya didalam suatu penelitian yang di lakukan dibatasi oleh kurangnya dari studi in vitro dalam baris sel asal udang dan tidak adanya informasi genom udang.

Baru-baru ini, potensi RNAi sebagai alat yang ampuh untuk genomik fungsional telah terealisasi dan sekarang sedang dieksplorasi sebagai strategi pencegahan penyakit untuk terapi pengobatan infeksi virus. Hal ini menunjukkan kemungkinan menggunakan RNAi sebagai alat antivirus untuk virus pencegahan penyakit pada udang budidaya. Pada udang yang industri akuakultur, sindrom bercak putih yang disebabkan oleh tempat virus sindrom putih (WSSV), adalah salah satu yang paling penyakit serius. Saat ini, akibat tidak adanya terapi yang efisien berarti untuk mengendalikan ini atau infeksi virus lainnya dalam akuakultur, penggunaan teknologi RNAi pada udang muncul sangat menjanjikan. Bukti hadir dan keberhasilan dicapai dalam penargetan urutan RNA spesifik virus di banyak organisme yang mempengaruhi hewan air.

Jadi, apabila dalam suatu penelitian tidak disertai dengan informasi yang akurat maka tidak akan diperoleh juga data yang akurat. Oleh karena itu, khususnya didalam bidang budidaya harus dapat menyajikan data dan mengolah data secara akurat dengan menggunakan waktu yang efisien. Untuk mendapatkan suatu informasi dan data yang valid tersebut para peneliti menggunakan suatu sistem yaitu Bioinformatika.

ringkasan jurnal bioinformatika akuakultur

Pada dasarnya Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Salah satu contoh dari penggunaan atau pemanfaatan bioinformatika dalam budidaya perikanan yaitu mengenai hormon pada ikan, disini adalah contoh dari KLONING cDNA HORMON PERTUMBUHAN PADA IKAN GURAME (Osphronemus gouramy). Hormon pertumbuhan (growth hormone, GH) merupakan salah satu hormon yang disekresikan oleh somatotrof dari kelenjar pitiutari. Hormon ini banyak diteliti dan digunakan sebagai model untuk ilmu fisiologi, pengaturan ekspresi gen, hubungan struktur, dan fungsi serta evolusi gen. Gh memiliki peran penting dalam pengaturan pertumbuhan dan perkembangan dengan cara mendukung proses pembelahan, diferensiasi, dan pembesaran ukuran sel. Pada ikan, GH juga mempengaruhi osmoregulasi dan reproduksi

Pentingnya GH sebagai sebuah agen pengatur pertumbuhan dan potensi aplikasinya dalm industri perikanan budidaya ikan membuat reset tentang GH banyak dilakukan dekade terakhir ini. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pemberian Gh meningkatkan laju pertumbuhan dengan tingkatan yang bervariasi pada sejumlah spesies ikan. Hormon pertumbuhan berperan penting dalam pengaturan pertumbuhan dan perkembangan sel somatik. Hal ini telah dibuktikan bahwa penambahan kandungan Gh di dalam tubuh ikan meningkatkan laju pertumbuhan dan ukuran tubuhnya secara drastis. Hal yang serupa dapat dicapai pula pada ikan gurame, bila konsentrasi GH dalam tubuhnya ditingkatkan. Sejalan dengan perkembangan ilmu biologi molekuler di bidang perikanan dan dengan mempertimbangkan aspek keamanan pangan serta kelestarian sumberdaya genetik.

Jadi dalam pertumbuhan hormon adalah peranan yang penting dalam proses pertumbuhan ikan. cDNA hormon ikan gurame (Osphronemus gouramy) hasil kloning mempunyai ukuran 843 bp yang menyandikan 204 asam-asam amino residu, dan sekuens Gh ikan gurame mengandung elemen-elemen yang konserf untuk gen GH, sekuens GH ikan gurame memiliki homologi tertinggi (97%) dengan ikan sepat.

Ringkasan diatas merupakan contoh bioinformatika dalam bidang perikanan khususnya dalam budidaya perikanan....

Referensi: http://id.wikipedia.org/wiki/Bioinformatika

http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/3208183190.pd

analisis jurnal penginderaan jauh dan SIG

APLIKASI DATA PENGINDERAAN JAUH DAN SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS UNTUK IDENTIFIKASI TINGKAT KERAGAMAN PENGGUNAAN LAHAN

Pelaksanaan pengembangan wilayah perdesaan memerlukan suatu perencanaan yang matang. Perencanaan tersebut dilakukan dalam rangka mengalokasikan secara spasial sumber daya yang dimiliki setiap wilayah perdesaan sehingga optimal. Hal ini didasarkan pada kenyataan bahwa kondisi tata guna lahan wilayah perdesaan di Indonesia sangat beragam. Oleh karena itu setiap pengambilan kebijakan pemanfaatan ruang perlu memperhatikan kondisi keragaman penggunaan lahan di wilayah yang bersangkutan. penelitian ini adalah mengidentifikasi sebaran dan luas tata guna lahan dan jaringan jalan setiap RW menggunakan data penginderaan jauh Quick Bird dan mengkaji keanekaragamannya berdasarkan perhitungan nilai Entropy.

Perhitungan nilai entropy dalam penelitian ini dilakukan untuk dua jenis fenomena yaitu penggunaan lahan dan jaringan jalan, bertujuan mengetahui tingkat keragaman penggunaan lahan dan jaringan jalan setiap RW, Semakin banyak jumlah peluang penggunaan lahan dan jaringan jalan dan semakin rata sebaran luas atau jenis

pemanfaatannya, nilai entropy semakin besar.

Kehadiran Quickbird telah melahirkan eforia baru. pada praktisi inderaja yang jenuh dengan penggunaan metode baku  analisis citra berbasis Landsat dan SPOT. Resolusi spasial yang sangat tinggi pada Quickbird telah melahirkan masalah baru dalam inderaja digital, di mana respons spektral obyek tidak berhubungan langsung dengan karakter obyek secara utuh.

 Secara umum metode penelitian ini dibagi menjadi empat tahapan, yaitu tahap pengumpulan data textual (tabel, grafik dan tex) maupun peta/data spasial. Tahap selanjutnya adalah pengolahan citra Quick Bird pansharpened, meliputi rektifikasi berbasis batas administrasi desa dan interpretasi penggunaan lahan termasuk identifikasi jaringan jalan. Tahap ketiga adalah menghitung luas wilayah dan luas penggunaan jalan serta menghitung panjang jaringan jalan untuk setiap RW. Tahap Akhir adalah menghitung nilai entropy (Hi) jenis penggunaan lahan dan jaringan jalan setiap RW. Nilai entropv tidak terkait dengan aksesibilitas jalan secara langsung. Aksesibilitas jalan lebih dipengaruhi oleh kerapatan jenis jalan, yang kualitasnya paling baik.

Bioinformatika Perikanan

Apabila kita mendengar atau membaca Bioinformatika pasti yang akan muncul pada pikiran kita adalah segala Informasi yang berkaitan dengan makluk hidup, memang hal itu merupakan sedikit penjelasan dari pengertian bioinformatika, namun  hal yang saya akan bahas pada kali ini adalah Bioinformatika yang berkaitan di Bidang Perikanan

Bioinformatika dalam Bidang Perikanan

Bioinformatika adalah terapan dari ilmu teknologi informasi yang mengembangkan cabang ilmu biologi sebagai dasar ilmu yang dikaji dan terus diteliti demi kesejahteraan umat manusia. Bioinformatika di bidang perikanan adalalah segala bentuk informasi dan segala bentuk teknologi yang mendukung kegiatan dalam bidang perikanan: seperti perekayasaan genetika, penerapan teknologi tepatguna, modifikasi pakan bagi kultivan yang dipelihara . Bioinformatika sangat penting peranananya bagi dunia perikanan karena dengan adannya bioinformatika akan menguntungkan para pelaku bisnis yang terjun dalam bidang perikanan maupun kegiatan pendidikan yang mengkhususkan diri dalam bidang perikakan.                                                                                                                                                                   Suatu badan pemerintah yang berperan dalam mensosialisaikan dan menerapka  bioinformatika pada masyarakat adalah Lembaga Ilmu Pengetahiuan Indonesia  (LIPI). Lembaga ilmu pengetahuan Indonesia juga memiliki tugas yang berkaitan dengan konservasi lingkungan hidup, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia berwenang untuk memberikan rekomendasi kepada pemerintah RI tentang penetapan daftar klasifikasi, kuota penangkapan dan perdagangan termasuk ekspor, re-ekspor, impor, introduksi dari laut, semua spesimen tumbuhan dan satwa liar; memonitor izin perdagangan dan realisasi perdagangan, serta memberikan rekomendasi kepada pemerintah tentang pembatasan pemberian izin perdagangan tumbuhan dan satwa liar berdasarkan evaluasi secara biologis; dan bertindak sebagai pihak yang independen memberikan rekomendasi terhadap konvensi internasional di bidang konservasi tumbuhan dan satwa liar.

Bioinformatika sangat berperan penting dalam kemajuan dunia perikanan di indonesia karena dengan bioinformatika, masyarakat bisa langsung mendapatkan perkembangan informasi yang berkaitan dengan dunia perikanan dan langsung bisa menerapkan teknologi tersebut di dunia nyata. Contoh yang dapat kita ambil adalah rekayasa genetika pada berbagai jenis ikan untuk menghasilkan suatu jenis ikan ataupun kultivan yang memiliki sifat-sifat unggul, Penelitian berbagai sumber pakan alami  yang bermanfaat bagi pertumbuhan kultivan, Melakukan penelitian  teknologi tepatguna  yang sesuai dengan kondisi agroklimat

Sumber : www.wikipedia.com

Ncbi

Pendahuluan

NCBI adalah instansi yang bertanggung jawab untuk menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis profesi yang berkembang pesat data genetik dan molekuler.     

 Sejarah NCBI atau disebut dengan National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah multi-disiplin kelompok penelitian yang berfungsi sebagai sumber daya untuk informasi biologi molekuler. Ini dibentuk pada tahun 1988 sebagai pelengkap kegiatan dari Institut Kesehatan Nasional (NIH) dan National Library of Medicine (NLM). Fasilitas terletak di Bethesda, Maryland, Amerika Serikat. Awalnya, penciptaan NCBI dimaksudkan untuk membantu dalam memahami mekanisme molekuler yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit dengan tujuan berikut: untuk membuat dan memelihara database publik, mengembangkan perangkat lunak untuk menganalisis data genom, dan untuk melakukan penelitian dalam biologi komputasi. Dalam waktu, dan melalui penggunaan luas dari Internet, NCBI menjadi semakin sadar akan peran penelitian biologi murni. Biologi molekular menjadi sebagai tokoh sebagai penelitian biomedis. Hal ini terbukti sebagai database khusus berbagai sedang diciptakan oleh NCBI, untuk melengkapi mereka yang berurusan langsung dengan kesehatan manusia.       

Dalam pencarian dari sel-sel hidup merupakan pencarian biologi molekuler modern. Adanya data molekuler dan memiliki pola yang halus menjadi syarat mutlak untuk database komputerisasi dan alat-alat analisis.
Tantangannya adalah dalam mencari pendekatan baru untuk berurusan dengan volume dan kompleksitas data dan dalam menyediakan peneliti dengan akses yang lebih baik untuk analisis dan alat komputasi untuk meningkatkan pemahaman dari warisan genetik kita dan perannya dalam kesehatan dan penyakit. Untuk itu telah di temukan suatu program yaitu (National Center Biotehnology Informasi). Para NCBI telah memiliki tanggung jawab untuk membuat database GenBank tersedia urutan DNA. GenBank berkoordinasi dengan laboratorium individu dan database urutan lainnya seperti Biologi Laboratorium Molekuler Eropa  dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ). NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain selain GenBank. NCBI menyediakan Warisan Mendel Online di Man, Database Modeling Molekuler (struktur protein 3D). Adapun NCBI mempunyai alat software yang tersedia dengan browsing WWW atau melaluiTP. Sebagai contoh, BLAST adalah kesamaan urutan program yang mencari. BLAST dapat melakukan perbandingan urutan DNA terhadap database GenBank. 

Tujuan : 

 1. Mengetahui Tujuan dari NCBI dan tugas yang dilakukan dalam NCBI 

2. Mengetahui program dan kegiatan NCBI

1. a. Tujuan dalam NCbi 

Sumber daya nasional untuk informasi biologi molekuler (NCBI), memiliki tujuan yaitu untuk mengembangkan teknologi informasi baru untuk membantu dalam pemahaman proses molekuler dan genetik yang mendasar yang dijadikan sebagai mengontrol kesehatan dan penyakit. Khususnya, NCBI telah diisi dengan menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis pengetahuan tentang biologi molekuler, biokimia, genetika dan memfasilitasi penggunaan database tersebut dan perangkat lunak oleh penelitian dan komunitas medis. Adanya koordinasi untuk mengumpulkan informasi bioteknologi baik secara nasional dan internasional, telah dilakukan  penelitian metode canggih berbasis komputer pengolahan informasi untuk menganalisis struktur dan fungsi molekul biologis penting.

b. Tugas Yang di lakukan dalam NCBI
Dalam melakukan tugasnya NCBI telah melakukan tugas sebagai berikut : 

• NCBI melakukan penelitian pada masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematis dan komputasi  untuk mempertahankan kerjasama dengan beberapa lembaga NIH, akademisi, industri, dan lembaga pemerintah lain mendorong komunikasi ilmiah dengan pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian ceramah.

• NCBI mendukung pelatihan pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi komputasi untuk rekan-rekan postdoctoral melalui Program Penelitian NIH Intramural yang melibatkan anggota masyarakat ilmiah internasional dalam penelitian dan pelatihan informatika melalui Program Pengunjung Ilmiah dalam mengembangkan, mendistribusikan, mendukung, dan koordinasikan  akses ke berbagai database dan perangkat lunak untuk masyarakat ilmiah dan medis

• NCBI mengembangkan dan mempromosikan standar untuk database, deposisi data dan pertukaran, serta  tata-nama biologi

2. Program dan Kegiatan

a. Penelitian Dasar

NCBI memiliki kelompok penelitian multi-disiplin yang terdiri dari ilmuwan komputer, ahli biologi molekular, matematikawan, ahli biokimia, dokter penelitian, dan ahli biologi struktural berkonsentrasi pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi molekular komputasi. Penelitian ini tidak hanya membuat kontribusi penting untuk ilmu pengetahuan dasar, tetapi memiliki fungsi  sebagai metode baru untuk kegiatan penelitian terapan. Dengan adanya  program NCBI masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematika dan komputasi. Sebuah contoh dari proyek penelitian saat ini meliputi: deteksi dan analisis organisasi gen, pola urutan berulang, domain protein dan elemen struktur, pembuatan peta gen dari genom manusia, pemodelan matematika kinetika infeksi HIV, analisis pengaruh kesalahan sekuensing untuk mencari database, pengembangan algoritma baru untuk mencari database dan beberapa sequence aligment, konstruksi non-berlebihan urutan database, model matematika untuk estimasi signifikansi statistik kesamaan urutan, dan model vektor untuk pencarian teks. Peneliti NCBI memelihara kolaborasi berkelanjutan dengan beberapa lembaga dalam NIH dan juga dengan berbagai laboratorium penelitian akademis dan pemerintah.

b. Database dan Software 

NCBI mendukung dan mendistribusikan berbagai database untuk komunitas medis dan ilmiah sebagai contoh : 

• Pewarisan Mendel Online di Man (OMIM)
• Database Modeling Molekuler (MMDB) dari struktur protein 3D
• Koleksi Unik Gene urutan Manusia (UniGene)
• Peta Gene dari Human Genome, 
• Browser taksonomi, 
• Genome Kanker Proyek Anatomi (CGAP), 

Manfaat NCBI: 

Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI) di situs , telah didirikan sejak tahun 1988 sebagai sebuah sumber nasional untuk informasi biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses secara umum, mengembangkan alat bantu software untuk menganalisis data genom dan menyebarkan informasi biomedik yang semuanya untuk pemahaman yang lebih baik terhadap proses molekuler yang berdampak pada kesehatan dan penyakit manusia. NCBI adalah sebuah lembaga maya yang sangat berguna untuk menyediakan sekaligus tempat untuk menelusuri informasi berharga. Beberapa database yang tersedia di NCBI dan dapat dipertanggungjawabkan meliputi database bank gen skuens DNA yang mengandung lebih dari 9.103.000 skuens nukleotida yang tercatat pada Oktober 2000, database model molekuler (Molecular Modeling Database = MMDB) yang terdiri dari struktur tiga dimensi protein sebagai alat bantu visualisasi dan analisis perbandingan, serta database pola pewarisan mendel pada manusia (Online Mendelian Inheritance in Man = OMIM) yang merupakan katalog bagi kelainan gen dan genetik pada manusia.   

Keuntungan yang diperoleh baik oleh guru maupun siswa adalah bahwa NCBI telah mengembangkan sebuah cara yang sederhana untuk menganalisis dan mengakses semua informasi ini. ”Entrez” adalah sebuah sistem untuk pencarian dan menemukan kembali yang mengintegrasikan urutan nukleotida, urutan protein, dan struktur makromolekul seluruh genom, serta literatur ilmiah. Keuntungan sistem ini adalah bahwa semua database ini saling berhubungan satu dengan yang lain. Sebuah kemungkinan mengakses dengan mudah sekuens protein, memperoleh literatur protein tersebut, pengujian secara klinik terhadap kelainan protein yang diperoleh dari penyakit cacat, dan menganalisis lokasi gen pada kromosom, semuanya dapat dilakukan dengan klik pada sebuah tombol. Hal ini merupakan sebuah cara yang yang tersedia di NCBI yang sangat berguna untuk memulai menganalisis sejumlah informasi yang tidak masuk akal.

BLAST adalah program untuk mencari kesamaan urutan dikembangkan di NCBI dan berperan dalam mengidentifikasi gen dan fitur genetik. BLAST dapat mengeksekusi pencarian urutan terhadap database seluruh DNA dalam waktu kurang dari 15 detik. Perangkat lunak tambahan yang disediakan oleh NCBI meliputi: Membaca Buka Bingkai Finder (ORF Finder), Elektronik PCR, dan alat-alat urutan penyerahan, payet dan BankIt. Semua database NCBI dan alat-alat perangkat lunak yang tersedia dari WWW atau FTP. NCBI juga memiliki server email yang menyediakan cara alternatif untuk mengakses database untuk mencari teks atau mencari urutan kesamaan.

Ada beberapa program dalam  ncbi ini yang  utama dalam BLAST, yaitu:                                                             

1. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki baik dengan data base maupun langsung dengan data  sekuen nukleotida.
2. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki baik dengan data base maupun langsung dengan data sekuenprotein.
3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein
4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

Kesimpulan 

Adapun kesimpulan yang dapat di ambil dalam mengetahui arti dari National Center Biotehnology Informasi : 

1. NCBI mendorong komunikasi ilmiah di bidang komputer, seperti yang diterapkan untuk   biologi molekuler dan genetika, oleh pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian ceramah. 

2. Program NCBI telah dibentuk untuk mendorong kolaborasi dengan para ilmuwan luar sekolah. Posisi postdoctoral fellow tersedia sebagai bagian dari Program Penelitian NIH Intramural.


Sumber               : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/glance/programs.html
Terjemah dari  : http://translate.google.co.id/?hl=id&tab=wT

                  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/